中国科学院南京土壤研究所的副研究员，同时担任中国科学院南京分院科技服务与成果转化处处长。他的研究领域主要集中在环境与土壤微生物方面。
研究重点包括塑料增塑剂—酞酸酯类化合物在土壤-植物系统中的迁移降解规律，土壤中酞酸酯污染对作物生长和农产品品质的影响，以及高效降解微生物的筛选和驯化等。在土壤学方面，他研究了由稻麦轮作改为露天蔬菜和大棚蔬菜的种植方式后土壤微生物学性状的变化，以及土壤氮磷流失、土壤微生物多样性、微生物在土壤污染的监测指示以及土壤重金属污染的生物修复等方面。
尹睿曾获得中国农科院科学进步三等奖，并参与了多项国家级科研项目，如国家重点基础研究发展规划项目973项目、国家自然基金课题和国家高技术研究发展计划（863计划）课题等。他撰写并发表了40多篇关于土壤和环境微生物方面的文章，其中包括11篇SCI源文章，并参与编撰了两部专著。
